L'Archivio nasce come naturale trasformazione dell’Archivio provinciale di Terra d'Otranto, istituito nel 1812, ma effettivamente funzionante solo dopo un ventennio. Questo periodo di inattività determinò la dispersione di gran parte della documentazione riguardante la contea di Lecce, il principato di Taranto, nonchè gli atti prodotti da magistrature dei secoli XV-XVIII.
L'Archivio custodisce circa 54.008 documenti cartacei, buste, pacchi, registri, e novantacinque pergamene dei secoli. XV-XIX.
Fu istituito nel 1954 come sezione di Archivio di Stato; diviene Archivio a tutti gli effetti nel 1963, in seguito al DPR n. 1409 che dispose l'istituzione di un Archivio di Stato in ogni capoluogo di provincia.
L’origine dell’Archivio risale al decreto del 22 ottobre 1812 di Gioacchino Murat e alla legge organica degli Archivi del Regno del 12 novembre 1818, che istituiva gli Archivi provinciali del Mezzogiorno. Inizialmente la sua sede era presso l'Ospedale degli Svizzeri, mentre nel 1831 fu trasferito nel palazzo dell'Intendenza e, circa un secolo dopo nel palazzo della Provincia di Bari.
L’Archivio fu istituito nel 1818 con la denominazione di Archivio provinciale di Capitanata ed ebbe come archivio supplementare quello di Lucera, nel quale erano conservati i documenti delle magistrature giudiziarie, che per la provincia di Capitanata avevano sede a Lucera, mentre gli organi amministrativi avevano sede a Foggia.
La natura dei numerosi fondi che costituiscono il cospicuo patrimonio in possesso dell'Archivio è piuttosto varia. Il nucleo più antico è composto da 234 pergamene, datate dal 1099 al XVIII secolo, mentre il fondo cartaceo raccoglie atti del Vescovo, del Capitolo, della Curia, della Mensa Vescovile, delle Confraternite, dei Monasteri di clausura femminili, scritture notarili e platee.
L’Archivio conserva circa 15.000 unità archivistiche appartenenti ad un arco di tempo che va dalla seconda metà del XVI secolo, alla prima metà del XXI.
La Biblioteca Comunale “Filippo De Miccolis Angelini” di Putignano, istituita nel giugno 1958 e inaugurata ufficialmente il 29 giugno del 1964, ha sede nell’ex Convento delle Carmelitane risalente al 1568.
La Biblioteca "Ruggero Bonghi" venne istituita nel maggio del 1817, in seguito ad una donazione privata, inaugurata e aperta al pubblico nel 1831.
La Biblioteca, denominata "La Magna Capitana", viene istituita nel 1940 dall’accorpamento con la Biblioteca Comunale che ne costituisce il nucleo più importante. Infatti, la Biblioteca Comunale risale al 1833 con l’acquisizione di circa duemila volumi donati dalla cittadinanza.
La Biblioteca fu istituita dall’Arcivescovo di Brindisi Annibale de Leo, nel 1798, con i circa 6.000 volumi della sua raccolta privata, arricchita dall’acquisto di parte di quella del cardinale Giuseppe Renato Imperiali e da vari codici e manoscritti raccolti in più parti d'Italia.
